Минусы таких систем:

излишняя функциональность.
Хотя русскому человеку такие слова слышать больно, а принцип «больше функций за те же деньги»(читай «на халяву») работает безотказно, помните, вы покупаете НЕ КУХОННЫЙ КОМБАЙН, который должен уметь ВСЁ!
В данном случае «всё» оборачивается дополнительными проблемами в дальнейшем. Когда проектируются система которая должна уметь огромное количество вещей, то обычно в неё закладывается огромное количество возможностей, большую часть из которых Вы никогда не будете использовать, а иногда даже не узнаете об их существовании (вспомните на сколько процентов Вы знаете и используете например «Excel»).
В принципе ничего страшного в этом нет, если бы не некоторые нюансы, а именно, более долгая генерация и загрузка страниц, жесткость каркаса и как следствие невозможность кардинальной реорганизации структуры и дизайна.
Что это значит? Только то, что страницы Вашего сайта будут грузиться чуть дольше, а дизайн будет мало отличаться от тысяч таких же сайтов...
Если для Вас, имиджа Вашей фирмы это не принципиально, то Вы сделали правильный выбор. Кроме того большое количество неиспользуемого, но присутствующего кода увеличивает вероятность наличия в нём дырок.
доступность кода для всеобщего обозрения.
Когда код Вашего портала можно скачать из сети и хорошенько изучить, то увеличивается вероятность того, что дырки в нём найдутся быстрее, чем если бы такой код был недоступен широкой публике.
С одной стороны это конечно минус открытого кода, с другой плюс, так как такие дыры сообществом разработчиков довольно быстро закрываются.
Остаётся одна деталь, за этим процессом надо следить, следить постоянно и неусыпно, скачивать обновления, устанавливать их, читать специализированные форумы и рассылки, а если ещё и пытаться понять о чём же там идёт речь... Вы к этому готовы? Ах да, студия которая Вам сделала такой подарок берёт всё на себя? Это конечно хорошо... Но они же не альтруисты, и наверное хотят за это денег...Хотя, если Вы уже один раз заплатили за то, что распространяется бесплатно, почему бы не платить и дальше?
Правильно, если что случится Вы им покажете! Показать то покажете, может даже компенсацию отсудите ( что впрочем маловероятно ), но имидж Вашей фирмы может пострадать. Оно Вам надо?

Конечно никакое ПО не застраховано от взлома, дырки в безопасности были, есть и будут, независимо от того платное это ПО или бесплатное, просто помните, что Вы сами увеличиваете вероятность этого...
Можно конечно довериться специалистам (не той ли самой студии?) или самому стать хакером и поломать всех раньше, чем сломают Вас :). Главное при этом не забыть о цели создания сайта - развитии Вашего бизнеса. Кстати, безопасности данных продуктов посвящено огромное количество статей, которые можно найти в интеренте.

Вы также же можете просто зайти на Яндекс и произвести поиск по фразе “уязвимости phpNuke”, например. Результат превзойдёт Ваши самые смелые ожидания :).

Естественно у данных систем есть и плюсы:

простота управления содержимым сайта
Работать с наполнением сайта может даже милая девушка с дипломом оператора ЭВМ, и как следствие умеющая только нажимать кнопки мыши в заранее указанных местах.
В смысле экономии на персонале, идеальный вариант для нашей страны. Хотя стоит сделать небольшое замечание, нормальная студия дизайна в любом случае предоставит Вам систему управления содержимым Вашего сайта с нормальной функциональностью и интуитивно понятным интерфейсом.
Более того, данная система обычно документируется и поэтому Вам (точнее Вашему сотруднику) не придётся провести кучу времени просто тыкая кнопки и ожидая какого-нибудь непредвиденного результата.
А представьте, что при уходе специально обученной девушки в декрет (с девушками это иногда случается ), новая по неопытности и незнанию нажмёт не ту кнопку?!?!?
Хотя возможно условием ухода в декрет будет требование полностью документировать чужую систему? Каждый решает данную проблему по своему....
доступность огромного количества бесплатных модулей расширяющих и без того убийственную функциональность Вашего портала.
Хотя в принципе, Вам всё равно придётся платить за их установку, так что для вас это ничем не будет отличаться от доработки сайта.
доступность различных тем для вашего сайта.
Возможность быстро и просто (а иногда даже без посторонней помощи) кардинально изменить оформление Вашего сайта и порадовать посетителей жизнеутверждающей цветовой гаммой, разработанной для какого-нибудь ”adult” сайта в далёкой западной стране.
При этом у Вас скорее всего появятся проблемы с некоторыми русскоязычными ссылками и скорее всего исчезнет логотип Вашей компании, но данные проблемы гарантированно будут решены всё той же студией дизайна правда снова не бесплатно, но я думаю Вы к этому уже привыкли.

Выводы:

если Вы новичок (или просто экспериментатор) и пытаетесь разработать сайт себе или своей компании самостоятельно, то данные CMS идеальный выбор для Вас.
При минимальном знании интернет - технологий и минимальных денежных затратах, Вы можете управлять довольно сложной структурой из новостей, рассылок, форумов и ещё кучи всякого добра, которое большинству посетителей Вашей страницы и даром не нужно, но Вам интересно и полезно в профессиональном плане...
код системы обычно уже оптимизирован под поисковые системы и различные сервисы размещения статей
если Вы процветающая компания, то сайт разработанный на основе бесплатного кода будет больше похож на анекдот «процветающая компания возьмёт в аренду дырокол» и скорее повредит Вашему имиджу, даже если Вы реально заплатили за него немалую сумму денег...
Хотя имидж бывает разный

p.s. Мы не против разработки сайтов на основе бесплатных систем. Более того в последнее время у нас в прайсе появилась такая услуга, как создание сайта на основе PHP-Nuke. Правда стоит отметить, что стоимость такой работы практически не отличается от разработки сайта с нуля, просто потому, что сайт разрабатывается действительно с нуля, просто в нём используются нужные клиенту модули CMS.

Мы за максимально полное информирование клиента о том, ЧТО он получит в результате.

При грамотном подходе такие системы действительно могут серьёзно облегчить работу студии-дизайна и позволяют создать функциональный сайт с нестандартным дизайном за относительно короткий период времени.
И в любом случае советуем обратить более серьёзное внимание на авторские разработки студии дизайна и коммерческие системы.